La plupart de ces attaques sont attribuées au réseau clandestin Jemaah Islamiyah (JI).
24 décembre 2000: Des engins explosifs "déguisés" en cadeaux de Noël et envoyés à des églises et des membres du clergé tuent 19 personnes en Indonésie.
Juin 2001: Arrestation en Malaisie de Mohammed Iqbal bin Abdurraham, alias Abu Jibril, présenté comme le N.2 de la JI et son principal recruteur.
12 octobre 2002: Des bombes tuent 202 personnes, essentiellement des touristes étrangers, à Kuta (Bali).
5 août 2003: Un attentat à la voiture piégée tue 12 personnes à l’hôtel Marriott de Jakarta.
9 septembre 2004: Un attentat à la voiture piégée contre l’ambassade d’Australie à Jakarta tue 10 personnes.
28 mai 2005: Un attentat contre un marché sur l’île de Sulawesi (Célèbes) fait 22 morts dans un contexte de tension entre musulmans et chrétiens.
1er octobre 2005: Trois attentats suicide font 20 morts dans des sites touristiques de Bali.
9 juin 2007: Arrestation de deux chefs présumés de la JI, Zarkasi et Abu Dujana, à Java. Ils sont condamnés à 15 ans de prison en avril 2008.
9 novembre 2008: Trois islamistes Amrozi, Ali Ghufron et Imam Samudra, condamnés à mort pour les attentats de Bali, sont exécutés.